1 资源化原则资源化利用是农业废弃物污染防治的核心内容。农业废弃物是一种有价值的资源，经过处理后可作为燃料、肥料、饲料、工业原料等，具有很大的经济价值。利用好农业废弃物资源，不仅可减轻对环境的污染，还可改良土壤理化性状，提高土壤肥力，提高农产品产量和品质，增加产品竞争力。也就是说农业废弃物是宝贵的资源，对农业废弃物的污染防治，要提倡畜禽粪便资源化和综合利用，提高附加值，坚持以利用为主、利用与污染治理兼顾相结合的原则。
2 减量化原则 鉴于畜禽养殖场污染排放量大的特点，在污染防治上应强调减量化原则，即通过生产结构调整及开展清洁生产减少污染物产生量，从而降低处理难度及处理成本，同时也可使农业废弃物的肥效得以最大限度的保存和处理利用。
3 无害化原则 农业废弃物，尤其是畜禽粪便中大量的病原体，会给人畜带来潜在的危害。故在利用之前要进行粪便和污水的无害化处理，使其在利用时不会对牲畜和作物的生长产生不良影响：排放的污水和粪便不会对土地、地下水和地表水产生污染等。污水必须根据国家规定的标准，选择适宜的处理工艺和技术达标排放。而应用于还田的固体废弃物需要进行干燥和堆肥处理，达到无害化标准，以防止生物性污染。
4 生态化原则 根据物质循环、能量流动和生态良性循环基本原理，将种植业与畜牧业、新能源、渔业紧密结合，以农养牧、养渔，以牧、渔促农，实现生态系统的良性循环，是解决农业废弃物污染的主要途径之一，也是实现农业可持续发展的必由之路。加强农牧结合，既可减轻农业废弃物对环境的污染，又可为绿色食品及有机食品的生产提供基本保障，提高产品质量和经济效益，这是我国农业今后发展的主要方向。
